הצורה שבה מאורגנות רשומות קובץ ביחידת האחסון. קיימות שלוש שיטות עיקריות לארגון קבצים, והן:
ארגון קבצים סדרתי, ארגון קבצים אקראי (ישיר) וארגון קבצים באמצעות אינדקס. כמו כן קיים גם שילוב של השיטות הנ"ל, והבחירה בשיטה הרצויה נעשית על-ידי מנתח המערכת
file organization.
***